民营医院的创建和发展走的是市场化道路，由于外部因素影响，加上其内部管理缺乏应有体制及其制度的监管和指导，存在着较多的问题，主要表现在以下几个方面。
配套政策不到位。
民营医院的发展与壮大，需要各级政府与部门的关心和呵护。虽然各地政府制订了相关政策，积极扶持民营医院的建设和发展。但是，民营医院与公立医 院相比，政府有关部门对民营医院的政策有欠公平，如民营 医院的建房用地迟迟不批、卫技人员职称评定拖延，一些 卫生行政主管部门在制定和实施当地医疗发展规划时也很少考虑到民营医院等等，另外，医院的增值处理、引进人才的鼓动政策等还不完善，还有绝大多数营利性医院很难被确定为医保定点医疗机构，客观上使民营医院病员减少，这 些原因在一定程度上影响了民营医院的建设和发展。
缺乏科学的管理方法。
大多数民营医院实行的是家族式、经验式管理模式，其长远规划是缺乏管理层的系统分析和集体决策，往往说变就变，这种家族式管理是科学管理的障碍；而且民营医院外来的管理者与投资商在价值观、发展理念以及经营思路上产生分歧和冲突已是一种普遍现象，责权不明，一人多职 职权交叉等现象较普遍，缺乏相关管理制度来保证，虽然它机制灵活，注重以情感人的营销手段，但是医疗质量控制人员却寥寥无几；也不够重视政府主管部门的质控检查，这种滞后的管理方法将束缚了医院的进一步发展。
难以形成人才队伍。
医院的生存与发展人才是第一关键，民营医院往往只注重拿来主义，依赖外聘专业技术人员，而忽视自身人才队伍的培养，人才管理不够规范，人员进 出随意性较大，这样的人力资源机制并不是医院发展的长久之计。首先，民营医院大多是从公立医院退下来的医护人员 中聘请专业主任，请到一位主任就开设一个诊疗科目，红火了一阵，而主任一走科室就关门，专家流动性较大。其次，由 于公立医院的人才到民营医院后经济收入虽然增加了但被，尊重感和自我实现的价值需求却缺失了而且受政策上的限制，公立医院学科带头人到民营医院后无法再申报高级别 的科研项目，导致民营医院难寻优秀学科带头人的现象。再加上医院不重视中青年员工的继续教育，聘来的人只要能 赚钱就行，难以形成人才梯队，阻碍了医院的业务水平和医 疗质量的提高。另外民营医院往往不重视医院管理人才的培养，管理人员只要能应付一般事务工作就行了更不用说，管理水平和管理质量了。
在众多民营医院纷纷出现的情况下，民营行业自律不够。
民营医院之间的竞争也日趋激烈。有个别民营医院只顾眼前利益，缺乏医疗道德，无病说有病、小病说大病、小手术变 大手术、一张处方数千元等等既坑害了患者，也损害了医院 的名誉，使民营医院的诚信在民众中丧失；还有由于大多数民营医院的掌权者并不是医疗卫生的业内人士，他们不懂 医学知识和规律，只是简单利用管理企业的经验来经营医院，在广告中频繁出现夸大宣传、虚假宣传的情况。据有关部门统计，市场上80％有问题的广告出自民营医院之手，这 种行为的结果不仅失去患者信任，也失去同行专家和公立 医院的支持，使民营医院面临诚信危机。还有少数民营医院 甚至把全部或部分科室承包给“江湖游医”严重损坏了民营医院的整体形象。
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